Il primo documento che cita la città di Monselice risale al 568 è riporta la conquista Longobarda della città. Secondo Paolo Diacono “igitur Alboin Vicentiam Veronam et reliquas Venetiae civitates, exceptis Patavium et Montemsilicis et Mantuam, cepit”.
Monselice nasce come un castello tardoantico posto all'interno di un sistema difensivo nell'area della frontiera tra i territori bizantini e longobardi. In epoca altomedioevale Monselice fu sede della sculdascia longobarda del padovano.
Nella successiva conquista da parte dei Franchi fu sede del 'Comitatus'. Dal 1000 è feudo dei marchesi d'Este ed elevata a 'Civitas' con il potenziamento del sistema difensivo con perno nella Rocca. É con il dominio imperiale di Federico II che la cittadina si riorganizza a vera e propria città murata quando sulla Rocca nel 1239 venne innalzato il potente Mastio detto di Federico II ed erette ben cinque cortine murarie concentriche, la prima sul colmo della Rocca la più esterna a cingere il borgo medioevale ai piedi del colle.
A Monselice c'erano numerose chiese le più antiche risalenti all'alto medioevo corrispondenti a Santa Giustina, San Martino e San Tommaso.