Il castello di Arquà è ricordato per la prima volta nel 985 in una donazione ai Canonici di Padova da parte dei figli di Giovanni del castro Arquada. Nel 1040 un Rodolfo Normanno (ex Francorum genere) è detto abitator in castro Arquada in un atto con il quale investe l’abate del Monastero della Vangadizza, pro anima della moglie Giuditta e per quella del marchese Ugo (zio di Alberto Azzo II), di una massaricia, da lui acquistata in Arqua.
Il castello di Arquà si trovava sulla sommità di un colle e aveva probabilmente forma ellittica, come si deduce dei muri che fungono ora da sostruzione di un piccolo pianoro sommitale. I versanti del monte erano stati terrazzati, per ospitare olivi e vigne. A mezzacosta, presso la strada che porta a Baone, sorgeva la chiesa dedicata alla Trinità. Ricordata per la prima volta nel 1181, ha un impianto romanico che consente di riportarla almeno all'XI secolo. Più antica è la pieve di Santa Maria, donata nell’anno 1026, dal vescovo Orso al monastero di San Pietro di Padova.
Nel 1312 il castello di Arquà fu distrutto dall’esercito comandato da Cangrande della Scala e nel 1322 da quello di Corrado da Vigonza, alleato dello Scaligero e in seguito anche alla peste nera del 1348, la popolazione diminuì in modo consistente. Sotto la dominazione della Repubblica di Venezia Arquà mantenne intatta l’ampia giurisdizione vicariale assegnata dai Carraresi che comprendeva Baone, Galzignano, Montegrotto, Abano sino ad arrivare a Valbona.