Entre los elementos más importantes que condicionan el paisaje cultural de los Colli, destacan en primer lugar, los ríos que discurren por la llanura de noreste a suroeste de los Colli: Brenta y Bacchiglione en la llanura septentrional, Frassine y Adige en la llanura meridional. La cumbre de los colli quedan aisladas en este sentido de la llanura inundable y pantanosa que caracteriza las zonas circundantes, antes de las obras de sistematización agraria realizadas a partir de época romana. Otra red más interna y completa es la de los canales que circundan los Colli. Estos cursos de agua son artificiales y se remontan siete u ocho siglos.
El aprovechamiento de los recursos hídricos en los Colli Euganei se observan también en los restos de los molinos que dan testimonio de las diversas tipologías y funciones que se han mantenido a lo largo del tiempo; junto a la función clásica de la molienda del grano, hoy son un patrimonio importante del paisaje euganeo. De estas estructuras se pueden recuperar y admirar las trazas más o menos bien conservadas de una veintena de yacimientos. Esto es lo que se conserva de un difuso sistema de aprovechamiento de la energía hidráulica a través de los molinos a coppedello, que aprovechaban la caída del agua mediante canales de piedra o madera. Existe abundante documentación histórica en documentos públicos medievales; se cuentan más de cien molinos sobre las laderas de los Colli Euganei y muchísimos más relacionados con los cursos de agua que circundaban esta área. Muchos eran aún visibles al final del siglo XIX; algunos estuvieron activos hasta el final de la I Guerra Mundial, pero posteriormente de forma gradual la disponibilidad de agua de las numerosas y poco conocidas fuentes (otras cien catalogadas en aquellos años) se ha reducido por el aumento de la demanda hídrica para otras funciones.